Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Sekolah Tinggi Teologi Baptis Indonesia (LPPM STT Baptis Indonesia) merupakan lembaga di bawah Ketua yang menangani kegiatan di bidang penelitian, pengabdian kepada masyarakat dan publikasi serta pengelolaan jurnal. LPPM STT Baptis Indonesia merupakan pusat kegiatan khusus yang terpisah dengan kegiatan akademik lainnya. Oleh karena itu, proses kegiatannya dirancang, dilaksanakan dan dikendalikan secara mandiri. Meskipun demikian LPPM STT Baptis Indonesia dalam melaksanakan kegiatannya selalu memperhatikan Visi dan Misi Institusi, juga mengacu kepada peraturan pemerintah, dalam hal ini Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Riset dan Teknologi maupun norma kepatutan yang berlaku secara umum pada perguruan tinggi. LPPM STT Baptis Indonesia mempunyai arti penting dalam perjalanan institusi, baik di masa lalu, kini maupun ke depan. Sebagai institusi yang didirikan dan dikelola oleh Yayasan Baptis Indonesia, maka eksistensinya memiliki banyak tantangan. Penyelenggaran untuk mengemban Visi dan Misi tidak saja tergantung pada ketentuan peraturan pemerintah saja, melainkan tergantung juga pada penilaian atas kebutuhan stakeholders (sivitas akademika dan masyarakat pemangku kepentingan lainnya), khususnya terhadap mutu layanan yang diberikan. Untuk itu, LPPM STT Baptis Indonesia selalu melakukan pengembangan kegiatan utamanya untuk mengikuti dinamika perkembangan ilmu pengetahuan dan kebutuhan masyarakat. Dalam penelitian, LPPM STT Baptis Indonesia selalu medorong para peneliti (dosen dan mahasiswa) untuk terus meningkatkan kompetensi dalam hal menangkap isu penelitian, kecakapan proses peneliitan, dan kemanfaatan hasil penelitian. Kemampuan menangkap isu penelitian ini penting karena selain harus sesuai dengan bidang ilmu, juga akan mencerminkan lingkup penelitian, referensi bacaan dan cakrawala seorang peneliti. Kecakapan dalam proses penelitian lebih didorong pada sejauh mana peneliti dapat memanfaatkan teknologi aplikasi penelitian yang selalu update dari waktu ke waktu.

Dalam pengabdian kepada masyarakat (PkM), LPPM STT Baptis Indonesia berusaha merumuskan dan melaksanakan kegiatan yang memberikan manfaat langsung kepada masyarakat. Bentuk kegiatan PkM bervariasi, baik kegiatan pendampingan kepada kelompok dalam organisasi Krsiten, memberikan sharing pengetahuan terkait keilmuan teologi, maupun melalui kegiatan sosial lainnya, yang tujuan utamanya dapat memberikan kontribusi pada peningkatan kesejahteraan dan kemandirian masyarakat. Oleh karena itu, LPPM STT Baptis Indonesia berupaya untuk menjalin kemitraan melalui kerjasama dengan berbagai gereja/instansi/institusi/lembaga swadaya masyarakat yang memiliki kelompok- kelompok binaan, khususnya kelompok dalam lingkup keagamaan Kristen. Dalam melaksanakan kegiatan PkM LPPM STT Baptis Indonesia tidak serta merta melakukan pendampingan dan pemberian materi secara sepihak, melainkan dengan terlebih dahulu melakukan analisis kebutuhan bersama dengan mitra kegiatan secara tematik dan berkelanjutan. Inilah yang LPPM STT Baptis Indonesia sebut sebagai kegiatan kemitraan yang berkelanjutan. Dalam publikasi & pengelolaan jurnal, LPPM STT Baptis Indonesia mendorong hasil kegiatan penelitian maupun PkM dapat dipublikasikan melalui jurnal, baik secara nasional maupun internasional. Hal ini sebagaimana ditunjukkan dari beberapa dosen yang berhasil mempublikasi penelitiannya di tingkat nasional dan internasional. Selain itu, LPPM STT Baptis Indonesia juga memiliki beberapa jurnal yang sesuai dengan bidang keilmuan, yaitu Jurnal PASCA, Jurnal GRAFTA dan Jurnal DOULOS.